Los avances en genética y genómica están contribuyendo al desarrollo de enfoques personalizados y más efectivos para la prevención y el tratamiento de enfermedades infecciosas. Las tecnologías de secuenciación genética están mejorando nuestra comprensión de cómo los factores genómicos humanos y patógenos, y sus interacciones, contribuyen a las diferencias individuales en las respuestas inmunológicas a las infecciones, vacunas y terapias con medicamentos. Tal comprensión influirá en las políticas y procedimientos futuros para el manejo de enfermedades infecciosas. Durante la actual pandemia se están realizando estudios genómicos a pacientes afectados con la COVID-19, o expuestos no afectados, para delinear los factores del huésped asociados con la variabilidad en la susceptibilidad, la infectividad y gravedad de la enfermedad. En este trabajo se describen las implicaciones éticas, posibles beneficios y perjuicios relacionados con la utilización de estudios genéticos y genómicos en la práctica clínica y la salud pública en la era de COVID-19.